本发明公开了一种基于列式药柜构型的双向盒装药品自动发药系统及配发方法，包括面对面呈一定间距摆放的左列药柜和右列药柜，安装在左、右列药柜上的取药机械手和带‑轨组合的竖置环形输送线，以及摆放在左、右列药柜两端的药品发放台；用于所述左列药柜的取药机械手安装在右列药柜的左侧端面上；用于所述右列药柜的取药机械手安装在左列药柜的右侧端面上；用于所述左、右列药柜的竖置环形输送线分别置于各自药柜的顶部、底部和前后侧壁上。本发明可根据处方中的盒装药品，自动确定药柜及其取药机械手，从双向发药中选定最优的药品发放台、输送线进行发放，从而提高盒装药品的发放效率。