本发明公开了一种抑制地中海富盐菌中目的基因表达的方法。本发明公开的抑制地中海富盐菌中目的基因表达的方法，包括：1)敲除出发地中海富盐菌中cas3基因，得到cas3敲除菌；2)向cas3敲除菌中导入转录抑制目的基因表达的crRNA的表达盒，得到重组地中海富盐菌，与出发地中海富盐菌相比，重组地中海富盐菌中所述目的基因表达降低。实验证明，本发明的方法可以对地中海富盐菌的基因进行有效的抑制，最低可将目标基因的转录水平抑制到原来的2％，操作流程简单。本发明为地中海富盐菌必需基因的功能研究及合成生物学改造提供了新的工具，推进了地中海富盐菌作为生产高值产品的底盘细胞的研究进程。