本发明揭示了一种半导体制冷设备的制冷控制方法，包括以下步骤：采集半导体模块的冷端温度Tc；通过半导体模块的冷端温度Tc计算半导体模块的热端温度Th；获取设定温度与半导体模块的冷端温度Tc的温差△T；判断△T与预设的禁止阈值的大小；判断Th与预设的禁止温度的大小；在△T大于禁止阈值或Th大于禁止温度时，停止对半导体模块供电；在△T大于等于禁止阈值且Th小于等于禁止温度时，根据△T的值对半导体模块执行预设的供电步骤。本发明可以防止半导体模块的供电电压过高，影响间室内部温度调整，防止间室内部温度过低，而且可以防止半导体模块热端温度过高影响制冷效率，造成能源浪费，也会避免半导体模块因热端温度过高而损坏。