本发明提供一种高速公路交通运营安全评价方法及系统，属于公路交通技术领域，依托交通安全驾驶模拟系统和生理心理测试系统，获取高速公路虚拟交通环境下驾驶员心理和生理指标及对应的车辆运行参数，作为虚拟驾驶数据；选取不同车辆类型，实时监测高速公路真实交通环境下驾驶员心理和生理指标及对应的车辆运行参数，作为实车试验数据；针对高速公路一段时期内发生的交通事故历史数据进行事故分析，获取事故特征、事故致因；结合所述虚拟驾驶数据、所述实车试验数据、所述道路交通安全影响因素以及所述事故致因数据，确定高速公路存在危险或安全隐患的风险路段；针对风险路段进行高速公路交通安全水平评价，根据评价结果确定高速公路改进建议。