本发明公开了一种电动给水泵无扰切换控制系统及其控制方法，包括中央控制系统和登录单元，所述中央控制系统通过无线与登录单元实现双向连接，所述中央控制系统通过无线与无线通讯模块实现双向连接，且无线通讯模块通过无线与远程控制系统实现双向连接，本发明涉及给水泵切换控制技术领域。该电动给水泵无扰切换控制系统及其控制方法，通过中央控制系统通过无线与备用电源控制单元实现双向连接，发电机启停驱动模块的设置，使得在停电的状态下，也不会影响给水泵的正常工作，使电动给水泵能够持续运行，亚临界机组的供水系统能够持续性进行工作，同时电量提醒模块对发电机的电量进行提醒，方便人们及时对发电机进行补充电量。