本发明公开了一种宽场照明共焦显微成像系统及方法，过程如下：计算机控制照明光源并通过反射器、空间光调制器，产生空间分布不同的结构光，再通过分光器、第一管镜和物镜照明样品；样品被物镜、分光器和第二管镜成像到相机光敏面被记录，存储计算机内；利用单像素成像算法重建不同的弥散斑图像；根据相机的光敏像元和空间光调制器的调制单元点之间的物像共轭坐标对应关系，提取弥散斑图像中共轭物点灰度值，获得一层样品的共焦显微图像；移动样品，重复上述步骤可获得样品不同层的共焦显微图像。本发明采用全场照明方式，相对传统点扫描荧光共焦显微镜，无需三维扫描，可以有效减弱光漂白和光毒性，有望在生物医学等领域获得应用。