本发明公开了一种全电传飞控故障的诊断系统及方法，包括故障查询模块、专家知识库模块、故障数据库模块和故障记录模块；本发明能够根据飞控计算机记录的故障代码，自动判定出飞控故障所有可能的故障原因，给出每一条故障原因所对应的故障概率、故障处置措施及相关电路图；所述故障原因所对应的故障概率包括专家推算故障概率、基于故障数据库的机器学习推算概率和数据库近几次统计故障概率。通过本方法，能有效解决现有飞控故障诊断定位耗时长、精准度不高、对地勤人员技术水平要求高的问题。