本发明提供一种基于使用场景模型的飞控系统功能故障分析方法，其包括以下步骤：S1：构建使用场景模型，确定使用场景与活动对应关系；S2：构建系统功能模型，确定活动与功能对应关系以及系统功能架构；S3：故障逻辑关系建模，通过模型扩展定义功能、活动、场景故障状态，并分别建立功能内部故障逻辑关系、功能故障‑活动故障逻辑关系、活动故障‑场景故障逻辑关系；S4：基于故障逻辑模型开展系统功能故障分析，确定影响任务的功能故障或组合。本发明解决传统功能故障分析方法不准确、不全面问题，通过“功能‑活动‑场景”的故障转播链自动开展影响安全、任务的关键功能故障识别。