本发明涉及农业及微生物技术领域，尤其涉及一种防治棚室番茄重茬常见病害的菌株及其复合微生物菌剂。本发明将YJY20‑02菌株与YJY19‑01进行复配获得复合微生物菌剂。将该复合微生物菌剂施用后，易定植，且不易产生抗药性，对番茄重茬病菌具有明显的抑菌活性，且均高于菌株单一使用的效果。不仅解决了单一生防菌株的防治不稳定、持续性弱的实际问题，而且对番茄重茬常见病菌有良好的防治效果，可快速恢复并稳定土壤中的菌群平衡，是一种防治番茄重茬常见病效率高、环境友好的生防菌株，应用前景广阔，本发明还为开发研制出有效控制番茄重茬病的生防组合制剂奠定基础。