本发明提供了一种发动机停机控制方法、系统及计算机存储介质，发动机停机控制方法包括：收到发动机的停机请求时判断电机是否有换挡请求；若电机有换挡请求，则获取电机的目标档位和实际档位；若目标档位与实际档位不一致，则调整实际档位至与目标档位一致后，执行发动机停机的操作。本发明通过在电机目标档位和实际档位不一致的过程中控制发动机延迟停机的策略，能解决在电机换挡过程中停机，再加速导致离合器起机造成的加速度跌坑和带来巨大冲击的问题，以及在电机扭矩输出路径切换过程中发动机停机可能出现的动力丢失的问题。