本发明提供了一种混合动力启停机控制方法及系统，该方法包括：在发动机的启动过程中，根据发动机的动力参数与发动机的转速变化率，计算发动机在启动过程所需的补偿扭矩，通过一补偿电机向发动机提供补偿扭矩，控制发动机到达目标转速后停止供应燃料；根据汽车的工况信息，通过补偿电机对发动机进行扭矩控制，控制发动机保持一稳定转速；在发动机的停机过程中，通过补偿电机控制发送机保持在一目标转速以进入停机辅助模式；在停机辅助模式下，当发动机在目标转速维持一预设时间后且在预设时间内未收到动力请求时，控制发动机停止工作。本发明能够解决现有技术中混合动力汽车普遍存在发动机启停机时噪音大，不利于更好的NVH实现的技术问题。