本发明提供了一种超纯水制备系统和超纯水制备方法，超纯水制备系统包括生产三级水和一级水的超纯水处理管路，用于生产三级水和一级水，超纯水制备系统还包括：位于三级水的产出位置的第一检测部件，用于检测三级水的电导率或电阻率以判断三级水是否合格；第一支路，其入口与第一检测部件下游的管路连接，出口位于废水排放处，以使不合格的三级水到达废水排放处；第二支路，其入口位于一级水的产出位置处，出口位于三级水的产出位置和第一检测部件之间，以在三级水在预设时间内一直不合格时，停止生产三级水并用剩余的部分三级水生产一级水，利用一级水清洗第一检测部件，解决了现有技术中超纯水机关机再开机后的初始产水存在电导率不合格的问题。