本发明公开了一种可自清理干瘪漂浮种子的生物育种用种子浸泡催芽装置，包括装置本体、加热器、浸泡水池、出料管和伺服电机，所述装置本体的内部边侧固定安装有加热器，且装置本体的内部安装有浸泡水池，所述浸泡水池的内部安装有搅动杆，且搅动杆的下端固定安装有圆形齿轮，所述装置本体的内部左侧固定安装有处理箱，且处理箱上开设有引流口，所述从动杆上连接有牵引绳，且牵引绳的上端固定安装在滤板的右端下方。该可自清理干瘪漂浮种子的生物育种用种子浸泡催芽装置，能够在对种子浸泡催芽时方便对种子起到一定的翻动作用，降低不合格的种子被合格的种子压住的可能性，同时能够对漂浮在水面上的干瘪种子进行自动清理。