本发明涉及一种基于有限元表示的分子模拟方法，包括以下步骤：获取生物大分子的空间点云数据做表面三角网格剖分，并生成有限元；取有限元外表面每一个三角形表面的几何中心作为待拟合电荷的位置；通过对有限元大分子周围静电势的拟合得到有限元表面中心的电荷电量，生成的大分子蛋白质周围的静电势；通过对范德华吸引和排斥势能的分别拟合得到有限元表面中心的范德华参数，以模拟蛋白质周围原有的范德华势。本发明可针对不同的体系选择合适的有限元网格对生物大分子进行三角网格化表示，然后对相关网格表面进行静电范德华参数的拟合，真正实现生物大分子可调节尺度的粗粒化描述。其动力学模拟过程适用于介观尺度的模拟。