本发明涉及生物制药、冻干技术领域，具体为一种密闭式冻干球分装器，包括设有盖体的壳体、开盖装置和下料装置。所述壳体上部设有浅槽，浅槽的底部开设有瓶塞容置槽和制剂容置槽；所述瓶塞容置槽的下部轴心位置设有开盖螺孔；所述制剂容置槽的底部设有至少一个下料孔。所述开盖装置包括与开盖螺孔螺接连接的丝轴、设于丝轴上端的倒钩和设于丝轴下端的手轮。开盖装置用以开启西林瓶的胶塞。所述下料装置与壳体的底部连接；下料装置用以控制冻干制剂球逐一进入导管孔内部。本发明具有在分装的过程中，可以避免西林瓶内部进入空气，防止冻干制剂球潮解。同时还具有便于冻干制剂球快速分装。