本发明提供一种电动吻合器及其控制方法，电动吻合器包括电机；为电机提供旋转所需电能的电源模块；传递电机输出动力的传动装置；被传动装置驱动打开或闭合的钳口组件；切割刀组件，包括推刀件，推刀件被传动装置驱动在初始位置与击发到底位置之间往复移动；控制模块，包括电量检测单元、与电量检测单元连接并用于控制电机的控制单元；在钳口组件处于闭合状态下且推刀件离开初始位置之前，控制单元基于电量检测单元提供的检测结果判断出电源模块的剩余电量低于设定阈值时，控制禁止切割刀组件执行击发动作。本发明可确保在电量耗尽前，使电动吻合器失去击发功能，并确保电动吻合器能正常从患者体内取出，最大限度降低手术风险。