本发明涉及海洋科学实验装置，具体地说是一种集装箱式深海化能养殖实验系统，包括分别安装于集装箱内的蓄调水系统、密闭式循环水养殖系统、减压系统及充气系统，水预处理模块将外来水消毒过滤后输入到蓄水罐中，水调温模块A对蓄水罐内的水进行循环调温；回水槽与蓄水罐相连，回水槽的水经水调温模块B二次调温后过滤、再输送给各养殖槽，各养殖槽的回水分别与回水槽相连，各养殖槽还分别连接有充气系统，由充气系统向各养殖槽内充气；回水槽还连接有减压系统，通过减压系统对回水槽负压除氧以及去除各养殖槽内的过量气体。本发明模拟了深海化能合成生态系统的水体环境，为在远洋科考船上和实验室内开展深海化能生物相关研究提供了基础。