本发明涉及一种基于低波动液位低温在线原位流量标定方法及系统，对储罐标定，获得储罐内的液位高度与容积对应关系；对储罐加压，使所述介质流经流量计，流量计对介质流量进行计量；对储罐内液面高度进行计量；通过储罐内液面高度根据液位高度与容积对应关系获得剩余介质体积，计算流量值作为基准，根据流量计计量的偏差标定流量计的低温仪表系数。本发明在实际工作温度下进行标定，对储罐体积低温的形变以及流量计的温差进行计量和补偿，大大提高了低温情况下的计量精度。