本发明涉及低温推进剂火箭发动机，具体涉及一种低温推进剂火箭发动机的流量计标定系统及方法，以解决现有低温推进剂火箭发动机使用流量计进行流量测量时，流量计测量的精确性低，且只能进行短时间段的参考流量计标定的问题。本发明所采用的技术方案为：一种低温推进剂火箭发动机的流量计标定系统，包括依次连接的容器加注单元、容器、供应管路、称重单元、快速回收容器、称重加注回收单元和回收单元；容器加注单元用于连接槽车和容器；供应管路包括温度传感器和压力传感器，以及依次管路连接的第一隔离阀、参考流量计、标定流量调节手阀、竖直主管和N个圆周均布的水平管。本发明还提供一种低温推进剂火箭发动机的流量计标定方法。