本发明公开了应用于卷烟工厂生产排程的两阶段排程优化方法与系统，属于生产排程技术领域。包括：初始化卷包阶段参数和制丝阶段参数；假设制丝阶段具有无限产能，求解卷包阶段生产排程模型，得到卷包阶段月作业计划；将得到的卷包阶段月作业计划输入至制丝阶段生产排程模型，逆推制丝阶段的生产排程，确定制丝阶段日作业计划。本发明对离散型卷包阶段建立数学模型，通过卷烟牌号与喂丝机对应关系约束、各牌号烟丝必须在对应的储丝柜中醇化规则表示制丝阶段与卷包阶段的衔接性，基于卷包月作业计划逆推制丝阶段排程，保证卷包车间按计划连续生产，二者结合求得最优的混合制造模式生产排程方案，效率高于卷烟企业目前常用的排产方法。