本发明涉及一种基于层次分析法的生物载体选择方法，包括如下步骤：分析选择生物载体的目标；根据不同目标构建不同生物载体性能指标评价体系，并制定对应的目标评价指标；依据层次分析法判断各目标评价指标重要性标度，并对目标评价指标进行分级，然后根据所获取的分级指标计算各分级指标的权重；根据所获取的各分级指标权重，对各待选生物载体进行综合评分，分值越大，则生物载体产品综合性能越好，反之，越小，则其产品综合性能越差。本发明的有益效果为：针对不同的目标建立不同的河湖用生物载体产品评价体系有利于水环境治理工程生物载体精准选型，对于提高工程效率、提升工程品质和降低工程成本具有重要意义。