本发明提供一种复合载药核壳微载体的制备方法及应用，该方法基于电喷微流控技术，利用天然高分子离子化成胶的方式，首先得到由纳米纤维素晶体制备的内核，将内核微球与海藻酸钠预凝胶溶液混合，再通过电喷微流控制成内核为纳米纤维素水凝胶，外层为海藻酸钙水凝胶的核壳微载体。其特征在于所述微载体通过调整微流体的参数可以获得包裹不同内核数量以及不同内核种类的微载体。这种基于电喷微流控技术的核壳微载体制备方法具有可重复利用、成本低廉、操作简易、便于大规模生产等优点，制备的药物微载体生物相容性好，具有良好的缓释活性分子，抗菌、促血管生成，及创面修复功能，能够在制备促进创面愈合的试剂或敷料中广泛应用。