本发明提出一种基于微生物组学技术筛选青枯病生防菌剂的方法及所得青枯病生防菌剂，属于微生物技术领域。该青枯病生防菌剂由Pseudomonas lurida FGD5‑2、Pseudomonas koreensis HCH2‑3和Pseudomonas rhodesiae MTD4‑1按体积比1:1:1构成，其中，P.lurida FGD5‑2具有如SEQ ID NO.1所示序列，P.koreensis HCH2‑3具有如SEQ ID NO.2所示序列，P.rhodesiae MTD4‑1具有如SEQ ID NO.3所示序列。本发明利用微生物组学技术筛选青枯病生防菌尚属首次，本次利用该方法筛选得到3株具有抗青枯病能力的菌株，通过对3株假单胞菌的溶磷活性、产生长素以及铁载体能力测试发现，3株假单胞菌均具有良好的效果；进一步还对3株假单胞菌的防病效果进行了分析，发现3株菌株无论单独或复配使用均具有良好的抗青枯病能力，可有效用于烟草青枯病防治中。