本发明公开了一种气液分离器及包含其的燃料电池系统，该气液分离器包括内部中空的壳体和与壳体连接的第一换向板。壳体上设有进气口和出气口；第一换向板位于壳体内并设于进气口和出气口之间，第一换向板和壳体的内壁之间形成一流通通道，流通通道的两端分别与进气口和出气口连通，在流通通道朝向进气口的一端，流通通道的通径的大小通过第一换向板的移动进行调节。通过将第一换向板设置成位置可调节的形式，使得流通通道的入口端的横截面的大小可调节。这样就可以根据需要改变气体入口处的气体的流通量，从而实现同一型号的气液分离器可适用于不同效率等级的燃料电池系统，降低了燃料电池系统的选型和开发成本。