一种工业污水的微生物强化处理系统，属于污水处理技术领域。系统包括一级处理单元、二级处理单元、生物强化装置和三级处理单元；所述一级处理单元即物化处理单元通过排水管路与二级处理单元即生化处理单元连接；所述二级处理单元通过排水管路与三级处理单元即深度处理单元连接；所述二级处理单元与微生物强化装置连接；微生物强化装置通过投加微生物菌剂，并通过驯化筛选得到与污水相适应的高效微生物，特定去除污水中的有机物，提高污水的COD去除率，使出水水质达到处理要求。