本实用新型公开了一种高通量多通道全自动数字PCR阅读分析系统，包括底板，所述底板上侧放置有开关电源、工业主板、液晶显示屏、运动控制板、LED控制板、光学模块和XY运动平台，开关电源分别连接工业主板、液晶显示屏、运动控制板、LED控制板、光学模块和XY运动平台，所述工业主板分别连接液晶显示屏、运动控制板、LED控制板、光学模块和XY运动平台，本实用新型采用嵌入式一体化设计，内置算法软件，可自动识别芯片并呈现可视化计算结果，无需手动导入结果，操作方便。本实用新型内置软件系统，可对芯片结果进行分类管理，方便数据调取及对比分析。本实用新型实现了高于6色荧光通道的同时检测。