本实用新型属于微观三维形貌重建技术领域，具体涉及一种多景深显微图像序列数据采集装置。技术方案包括计算机、底座、固定柱、支撑杆等；所述固定柱与底座相垂直的设在底座的上表面，且固定柱位于底座的左侧，所述支撑杆与固定柱相垂直的设在固定柱的上端；所述电动滑台设在支撑杆的下方，所述工业相机设在电动滑台的下方，所述镜筒设在工业相机的下方，所述同轴光源设在镜筒的下方，所述物镜设在同轴光源的下方；所述载物台设在底座的上表面，且位于物镜的下方。采集得到的图像序列完全配准，且避免了模糊现象，从而能够得到高精度的微观物体三维形貌。本实用新型装置采集得到的图像序列完全配准、图像清楚，能够得到高精度的微观物体三维形貌。