本实用新型公开了一种微生物发酵的搅拌装置，属于微生物发酵技术领域，包括支撑架、发酵箱、搅拌组件、清洗组件和出料组件，所述支撑架呈竖直设置，所述发酵箱设置在支撑架的顶部，所述搅拌组件设置在发酵箱内，所述出料组件设置在发酵箱的底部，所述出料组件与发酵箱滑动配合，所述清洗组件设置在发酵箱的上段，所述清洗组件与发酵箱转动配合，所述发酵箱的顶部设有与其相连通的进料漏斗。本实用新型通过摆动电机工作带动摆动轴转动，摆动轴带动摆动架转动，摆动架转动带动若干出水喷嘴转动，若干出水喷嘴转动将清洗水从不同角度不同的方向喷射在发酵箱内，对发酵箱内壁上的残留进行全方位的清洗作业，防止有残留影响下一次的发酵作业。