本实用新型公开了一种燃料电池系统模组的温度补偿冷却系统，包括电池本体、左换热器、右换热器、散热风扇、固定架、水箱和水泵，所述电池本体的左右两侧分别设有排水口和进水口，所述电池本体的左右两侧壁固定连接有固定架，所述固定架的表面分别固定连接有左换热器和右换热器，所述左换热器和右换热器的表面分别固定连接有散热风扇，所述电池本体的顶部设有水箱和水泵，所述排水口、左换热器、水箱、水泵、右换热器以及进水口依次相连通。本实用新型通过在电池本体的表面集成冷却系统，有效的减小冷却系统的空间占用，使冷却系统与电池本体更加一体化，从而降低了电池本体的拆装和维护的难度，降低工作人员的工作强度。