本实用新型涉及隔离设备领域，具体公开了一种菌株培养用隔离设备，包括箱体，箱体一侧设有箱门，箱门内侧面上固定连接有密封垫，箱体内与箱门相对的侧壁为空腔结构，且空腔结构由箱体的内向外依次设有通风孔、加热管和循环风机，箱体内设有第一菌株培养区和第二菌株培养区，第一菌株培养区包括若干菌株培养隔离盒，第二菌株培养区包括菌液培养隔离盒，箱体外侧壁设有控制器和控制面板，温度检测器、加热管、循环风机、控制面板均与控制器电性连接。本实用新型通过设置菌株培养隔离盒与菌液培养隔离盒实现了菌株培养过程中隔离培养，防止在培养过程中菌株之间的交叉污染。