本实用新型涉及一种横跨河涌地铁站顶板防水结构及地铁站，横跨河涌地铁站顶板防水结构，包括顶板基层、防水层、混凝土冲刷层及保护层。防水层覆盖于顶板基层的表面，防水层包括防水砂浆层及防水涂层，防水涂层涂覆于防水砂浆层的表面。混凝土冲刷层覆盖于防水层的表面。保护层包括保护框架及碎石，碎石填充于保护框架内，保护框架用于设置在河道面与混凝土冲刷层之间。通过对顶板进行防水加强处理，在不影响地铁站使用的前提条件下，可以降低地铁站埋深导致的建造成本及施工风险，同时缩短乘客的进站时间。此外，将碎石填充于保护框架内，保护框架对碎石起到固定的作用，这样能够避免碎石被水流冲走，从而保证横跨河涌地铁站顶板的防水效果。