本实用新型公开了一种双通道检测仪光学系统，通过第一分束镜将第一光发射装置入射到其表面的入射光束分为两束，一束透射至第一检测通道用于第一样本的检测，另一束反射至第二分束镜，通过第二分束镜将反射至其表面的光束分为两束，一束反射至第二检测通道用于第二样本的检测，另一束透射至参考通道，通过第一光探测器、第二光探测器和第三光探测器分别采集经过第一检测通道后、第二检测通道后和参考通道后的光信号，在避免反应前后光源波动带来的影响下，可以分别计算出第一通道内的第一样本和第二通道内的第二样本的吸光度值，从而实现双通道的同时检测。与现有技术相比，能够实现双通道同时检测，同时尽量减小检测仪的体积，降低成本。