本实用新型提供了一种大变形止水装置及闸门系统，涉及水利工程技术领域。所述大变形止水装置包括：支架、柔性止水件和止水埋件，柔性止水件安装于支架，支架用于与闸门相连；止水埋件相对闸门设置，止水埋件与闸门之间具有间隙，当闸门处于关闭状态，柔性止水件位于闸门与止水埋件之间；柔性止水件包括相互连接的第一段和第二段，第一段的厚度大于第二段的厚度，第一段沿长度方向内部设置有通孔，第一段沿闸门的径向的最大厚度为150mm‑250mm，柔性止水件与闸门之间的最大距离大于止水埋件与闸门之间的最小距离。所述大变形止水装置应用于闸门系统，大变形止水装置中的止水件具有较大压缩量，从而能够适应闸门更大变形。