本实用新型公开了一种毛细管电泳质谱联用设备以及生化分析系统，毛细管电泳质谱联用设备连接于电泳仪和质谱仪之间，包括：外壳体、以及设置在外壳体内的电喷雾离子源和夹持机构。其中，外壳体具有隔离于外界的内腔；电喷雾离子源具有电泳连接端、化学修饰液注射端和电喷雾输出端，电泳连接端与电泳仪连通，化学修饰液注射端与化学修饰液连通；电喷雾离子源适于夹装于上述夹持机构内，夹持机构具有一个限位安装位，电喷雾输出端限位安装在限位安装位内，限位安装位正对于质谱仪离子入口。通过封闭内腔的设置，减少了外界对电喷雾离子源泰勒锥的扰动，提高了质谱检测信号的精准度；通过夹持机构实现对电喷雾离子源的直接安装。