本实用新型公开了一种燃料电池发动机，包括框架、电堆、电池控制单元、空气系统、氢气系统以及冷却系统，框架的前安装层上安装有电堆，后安装层上安装有空气系统中的空压机和中冷器。本实用新型中所公开的燃料电池发动机中，采用了一个整体的框架，并将该框架分为前安装层和后安装层，框架本身即可以为燃料电池发动机中的各个零部件提供安装基础，无需额外增加安装支架，这就可以有效简化燃料电池发动机的结构，减少零部件数量，从而减小燃料电池的整体尺寸；另外，将电堆、空压机以及中冷器分别安装于框架的前安装层和后安装层可以充分利用发动机舱的前后空间，有效提高燃料电池发动机整体结构的紧凑性，本实用新型还公开了一种燃料电池车。