本实用新型公开一种医院箱式污物传送消毒隔离系统，包括与运载垃圾传输箱的垃圾存储车对接实现垃圾传输箱运输的传输机、对应传输机设置的消毒隔离仓，所述消毒隔离仓中设置用于对垃圾传输箱进行杀菌消毒的消毒装置，垃圾传输箱由垃圾存储车转移至传输机并通过传输机进入到消毒隔离仓中，通过消毒装置完成杀菌消毒，该系统能将医院垃圾传输箱中的各种污物进行消毒处理，避免了病菌随各类医疗垃圾与生活垃圾进行传播，造成交叉感染与二次感染，同时自动化的消毒方式也能大大减轻工作人员的工作强度与接触病毒造成感染的可能性，适合推广使用。