本实用新型公开了一种HSCT专用肠道微生态标本用大小便分离坐便器，包括坐便器本体，坐便器本体上设有水箱，坐便器本体内设有小便便池和大便便池，坐便器本体上铰接有闭合盖，小便便池上设有第一出水口，小便便池的下端与大便便池连通，大便便池上设有第二出水口，水箱的上端设有第一开关；大便便池内设有储存腔，储存腔内设有底座，储存腔内设有自动伸缩装置，底座的上端可拆卸连接有容器，容器上盖设有密封盖，密封盖上设有第一连接头，密封盖的下端设有搅拌棒，储存腔的上方嵌设有转动电机，转动电机、上设有第二连接头，坐便器的外侧设有第二开关；本实用新型先将大小便分离，再对大便进行搅拌和多次取样，具有保证检测结果全面性的效果。