本实用新型公开了一种水体微生物检测的采样装置，包括底座，所述底座上设置有：绕卷组件，所述绕卷组件包括圆柱形的壳体，所述壳体的中心处设置有转轴，所述转轴上绕卷有管体，所述壳体上设置有第一开口和第二开口，所述管体第一端从第一开口处伸出，所述管体的第二端从第二开口处伸出；伸缩组件，所述伸缩组件包括多级伸缩气缸，所述多级伸缩气缸的伸缩杆端部与管体的第一端连接以带动管体伸长至预定深度的水域中；集液组件，所述集液组件包括泵体、导液管和采样瓶；恒温箱，所述集液组件和绕卷组件皆位于所述恒温箱中。其方便收集不同深度的水体样品，适用范围广，样品保存好。