本实用新型公开了一种全自动软式内窥镜清洗灭菌器，涉及医疗器械清洗设备领域，包括机体框架，所述机体框架内部为清洗消毒仓，所述机体框架内顶部设置有紫外杀菌装置，所述机体框架内设有超声发生装置，所述清洗消毒仓与臭氧发生装置相连通，所述清洗消毒仓与计量泵相连通，所述清洗消毒仓与加水泵相连通，所述清洗消毒仓与空气泵相连通，所述清洗消毒仓与水泵相连通，所述水泵与出水总管相连通。通过臭氧发生装置产生的臭氧与紫外杀菌装置产生的紫外线及次氯酸消毒剂，在多种消毒因子的协同作用下达到消毒灭菌的作用，再辅助超声发生装置产生超声波震动的复合作用，具有多种物理和化学消毒因子的协同复合作用，对软式内窥镜无菌处理。