本实用新型公开了一种高潜水位地区断层气观测井结构，包括回气管、取气管、冷凝管、丝网过滤器、观测井套管、井口盖板、进气单向阀、出气单向阀以及圆锥形浮漂。该高潜水位地区断层气观测井结构利用冷凝管和丝网过滤器能够对取气管抽吸的清流进行冷凝，减少水汽进入断层气测量仪器；利用圆锥形浮漂、垂线以及配重块的设计，能够在圆锥形浮漂漂浮时，确保圆锥形浮漂的锥底面朝上，防止积水进入进气软管；利用进气单向阀和出气单向阀能够在观测井套管内外侧气压不等时进行单向进气或出气，并在气压基本平衡后维持封闭状态；利用透气孔能够便于观测井溢出的气体散溢到观测井套管内。