本实用新型涉及一种智能杀菌型压差预冷系统，包括保温箱体，保温箱体内通过隔板形成有预冷箱体和安装箱体，在预冷箱体内的底面固定有两排预冷筐，两排预冷筐的顶部之间设置有盖板，盖板上方设置有固定在预冷箱体顶面的压差预冷装置，压差预冷装置设有进风端和出风端，盖板上有与出风端连接的通风口；安装箱体内安装有与压差预冷装置连接的压缩冷凝机组。本实用新型不仅可以实现预冷速度快、预冷均匀并减少人工投入，降低运行费用，而且可以通过物理的方式在提供相对湿度较高的纯粹湿空气的同时，提供可以杀灭果蔬表面携带的微生物的负氧离子等目的。