本实用新型公开了一种高效微孔板孵育器，包括操作板，所述操作板的顶部固定连接有孵育器本体，所述孵育器本体的内部固定连接有螺旋弹簧，所述螺旋弹簧的一侧面固定连接有支撑板，所述支撑板的上表面开设有通孔，所述通孔的内壁卡接有套筒，所述套筒的一端贯穿通孔并延伸至支撑板的外部，所述套筒的内侧壁固定连接有马达，所述马达的内部设有偏心轮，螺旋弹簧远离支撑板的一端固定连接有第一挡板，第一挡板位于孵育器本体的内部，且第一挡板的一侧面与孵育器本体的内侧壁固定连接。该高效微孔板孵育器，具备孵育时间短，能够孵育均匀，可以满足多种样本同时孵育的要求，微孔板之间不会产生干扰和不容易破坏孵育器箱体温度平衡的优点。