本申请公开便携水套式振荡微孔板孵育器，包括主壳体、恒温液浴装置、水套装置、智能振荡板和控制器。恒温液浴装置被固定设置于主壳体的下部，并形成液浴腔和连通所述液浴腔的出液口和回液口。恒温液浴装置设置有智能控温元件，还于底部设置有连通所述液浴腔的排液口。水套装置包括盖板和温床。所述盖板被可开闭的设置于所述温床的顶部，并与所述温床相配合形成一孵育室。所述盖板和所述温床分别形成第一恒温腔和第二恒温腔。所述第二通液管的两端分别连通所述出液口和所述回液口，且所述第二通液管连通所述出液口的管道设置有第一循环泵和第一智能阀。所述智能振荡板被可振荡地设置于所述温床的底部。该孵育器操作简单、成本低、控温效果好。