本实用新型涉及燃料电池技术领域，具体涉及一种去离子装置及燃料电池系统，所述壳本体一端设置第一连接结构，所述第一连接结构与上端盖的第二连接结构可拆卸连接，所述第二连接结构设置在所述上端盖内部，所述上端盖内部还设置有凹槽，所述凹槽内设置有密封垫。本实施例去离子装置在壳本体的一侧设置可拆卸的上端盖，有效的降低漏液的风险，通过在上端盖内部设置密封凹槽实现整体装置的密封；通过将过滤网集成在上端盖上，简化结构，检索更换工序，去离子器到一定时间需要更换时，打开上端盖，将内部的离子交换树脂直接进行更换，壳本体重复使用，操作方便，质量可靠，制造维护成本较低。