本实用新型公开了一种燃料电池系统冷却液去离子装置，涉及新能源汽车领域，所述燃料电池系统包含有顺次连接的形成回路的燃料电池、水泵和散热器，所述去离子装置设置于散热器与燃料电池冷却液入口连接管路的一条支路上，所述去离子装置与水箱连通后与燃料电池的冷却液出口连接管路连接，所述去离子装置包含有壳体，所述壳体内置树脂颗粒，所述壳体两端对称设置端盖及接管口，两端接管口之间连通用于通过冷却液，所述端盖与壳体之间设置密封圈进行连接密封，所述端盖的末端设置颗粒过滤器。本实用新型置于冷却液循环支路上，既能对冷却液内离子的净化功能，又能避免树脂颗粒进入燃料电池系统中损坏电堆而影响燃料电池的使用。