本发明公开了一种燃料电池冷却液温度控制方法、系统及其控制器，其中温度控制方法包括：采集燃料电池电堆冷却液出口实时温度值等数据，根据调度电流查找冷却液出口目标值温度、温差设定值和初始风扇个数；判断冷却液出口目标温度值与实时温度值之差是否小于温差设定值，若是，则启动风扇控制策略，计算风扇占空比，再判断风扇占空比是否大于等于最小设定占空比，且小于等于最大设定占空比，若是，则直接输出风扇占空比控制风扇转速；若小于最小设定占空比，则减少风扇个数，计算风扇占空比用于控制风扇转速；若大于最大设定占空比，则增加风扇个数，并考虑风扇启动延时，计算风扇占空比用于控制风扇转速。本发明可满足燃料电池效率及寿命。