提供了一种核酸检测装置的温控系统和核酸检测装置，核酸检测装置用于检测反应液，温控系统包括多个温控器、泵、多个试剂槽和连接多个试剂槽的流道，泵被构造成能够驱动反应液经流道流动从而择一地容纳于多个试剂槽；多个温控器一一对应地调节多个试剂槽处于变性温度、退火温度或延伸温度；反应液能够循环地、按次序地容纳于具有变性温度、退火温度和延伸温度的多个试剂槽从而进行包括变性反应、退火反应和延伸反应的温控循环。不同的试剂槽具有预先调节好的反应温度，反应液循环地、按次序地在各试剂槽内反应，这省去了传统温控系统的变温间隔，缩短了PCR的反应时间。而且，试剂槽占用空间较小，利于核酸检测装置的小型化。