一种自动清理观测窗的电子显微镜，涉及一种电子显微镜，包括镜筒、机体、玻璃观测窗和底座，镜筒设在机体上，机体上设有玻璃观测窗，机体设置在底座上，底座上设有电动机，电动机的输出轴与端面齿轮通过键连接，端面齿轮与齿轮A啮合，端面齿轮与齿轮B分离，齿轮B与转轴通过键连接，转轴与齿轮A通过键连接，转轴的两端都与机体连接，转轴与直角杆通过键连接。本实用新型通过设置在机体内清洁装置的橡胶条A和橡胶条B对玻璃观测窗的内部进行自动清洁，能够很好的把玻璃观测窗的内壁的污渍擦干净，提高了清洁效率，大大的节省了人工拆卸观测窗清洁观测窗内壁的时间，还不用将观测窗拆卸下来，避免了灰尘和其他物质进入电子显微镜内部的风险。