本实用新型提供了一种医疗垃圾处理系统，涉及垃圾处理领域。医疗垃圾处理系统包括机座、设置在机座上的撕碎机构、消毒搅拌机构；消毒搅拌机构连通有消毒供液机构，消毒搅拌机构还连接有上料输送机构，上料输送机构设置有湿料出口；机座上还设置有湿料脱水机构，湿料脱水机构包括脱水机壳体、安装在脱水机壳体中的筛网和脱水机主轴，筛网呈筒状罩设于脱水机主轴的外部，筛网上开设有排料口，以及与湿料出口相连的湿料进口，脱水机主轴上周向间隔设置有多个脱水叶片，脱水叶片具有驱动湿料朝排料口运动的旋升面。通过脱水机主轴的脱水叶片驱动湿料旋升，使湿料沾附的废液与碎料本身发生分离，可高效、彻底地去除碎料沾附的废液。