本发明提供了一种农业面源污染控制生态治理系统，涉及生态治理技术领域，依次包括：农田、集水窖、生态拦截沟渠、水解酸化池、混合植物湿地、以及立体生境净化塘；农田中的污染源流入集水窖；集水窖用以对污染源实现污染源汇集、调节、沉砂处理；生态拦截沟渠用以吸氮磷、除农残处理；水解酸化池分为水解段和酸化段，用以对农药、有机物进行水解、酸化处理；混合植物湿地包括配水渠、混合植物湿地主体、集水渠，用以进一步去除氮磷处理；立体生境净化塘用以最终净化处理，达标排放。从农田排水污染物的发生区域、路径、趋向入手，实施近源拦截、过程控制、尾端净化的多段过程拦截净化，提高拦截系统的处理效率，稳定水质。